Effectivement, a la fin de Hl² Ep2 lorsqu'il parle d'un cargo nomé : Borealis il font alusion a Aperture Science car le cargo leur appartient.
Source : Hl² ep2 + Wiki :
" À la fin d'Half-Life 2: Episode Two, Gordon et la résistance récupèrent les données dérobées au cartel, celles-ci contiennent les coordonnées d'un navire, le Borealis, appartenant à Aperture Science. Ce navire et sa cargaison font l'objet d'une dispute et d'un conflit au sein de la rébellion. Le Borealis semble être l'un des éléments importants d'Half-Life 2: Episode Three. "